Após a retirada da base lesada gera-se no DNA um sítio apurínico ou apirimidínico, AP, (sem as purinas ou piridinas) que será reparado por AP endonucleases (enzimas que “cortam” o DNA em um parte específica da molécula) . Os sítios AP também podem ser gerados por hidrólise natural do DNA (Este é outro dano que este mecanismo repara que pode ser gerado de forma espontânea ou pode ser induzido).
Após a ação das AP endonucleases é necessário que ocorra a remoção de resíduos 5’-fosfato-desoxirribose. Essa etapa é realizada pela enzima DNA desoxirribo-fosfodiesterase (dRpase), para que uma DNA polimerase possa reconhecer e complementar a lacuna gerada pela retirada do nucleotídeo.
Este processo é feita pelas enzimas de DNA glicosilases que reconhecem os produtos de citosina e adenina desaminadas (um tipo de lesão frequente) no DNA gerando uracila e hipotanina. Esse tipo de reparo tem início com a ação de DNA glicosilases que reconhecem e removem bases lesadas da cadeia do DNA pela quebra da ligação N-glicosil (ligação que mantém a base nitrogenada associada com o esqueleto de açúcar-fosfato).
Reparo por excisão de bases (BER)